Arquitecto titulado de la Universidad Católica de Chile en 2002. Ese mismo año funda F+Z Arquitectos, diseñando diversos proyectos en Chile.

Entre 2005 y 2008 trabaja en Rick Joy Architects en Tucson, Arizona, como project architect. Desde 2010 dirige Matías Zegers Arquitectos en Santiago.

Ha sido profesor en las Universidades chilenas de Talca, Andrés Bello, San Sebastián, Católi­ca de Chile y en la University of Arizona en Tucson, USA. Además ha sido profesor invitado en diferentes Universidades en Chile y en el extranjero incluyendo la Manchester School of Architecture, UK. También ha sido jurado en concursos de arquitectura entre 2018 y 2021 en Chile.
Actualmente dirige un taller de titulación en la Universidad Finis Terrae y un Taller de quinto año en la Universidad de Talca. 

Su trabajo ha sido publicado en distintos libros y revistas internacionales como ORIS, ARQ, Trace, Summa+, Cement y Stables.

La oficina ha sido condecorada con los premios obra del año Archdaily 2014, Best Leisure Ar­chitecture de Americas de Property Awards 2018- 2019, Ganador Internacional en Arquitectura y Paisaje de Great Wine Capitals 2018, además de ser finalista en premios como el Mies van der Rohe Foundation, entre otros. Ha destacado también en concursos nacionales e internacionales obteniendo 1° Lugar en el concurso para la Nueva Biblioteca del Congreso Nacional junto a la oficina Beals Lyon Arquitectos en 2013, el 1° Lugar en el concurso de la Municipalidad de Papudo en Chile 2015, el 1° Lugar para el complejo ecoturístico Finca Remota en Argentina 2017 y 2°Lugar en Obra en Madera organizado por Madera21 en 2020.

El trabajo de MZA ha sido exhibido en diferentes bienales y muestras a nivel local e internacional, incluyendo charlas en distintas universidades en Chile, en el Museo de Arte Moderno de Arizona, Ciclo de Arquitectura Sub40 y semana de la Madera 2019.