Daniel Bonilla estudió arquitectura en la Universidad de Los Andes de Bogotá (1981-86) y en la Universidad de Oxford Brookes donde obtuvo el Master en Diseño Urbano (1990). También realizó estudios en el College of Technology de Dublín y en el Politécnico de Milán. Su interés en temas urbanos lo llevó a trabajar con la Alcaldía de Bogotá en proyectos de espacio público. En 1990 se vinculó a Llewelyn-Davies en Londres donde desarrolló proyectos urbanos de gran escala con equipos interdisciplinarios.En 1993 regresó a Colombia, y trabajó como director de Diseño en Ospinas y Cia, una de las empresas con mayor tradición en el desarrollo inmobiliario de Colombia.
En 1997 estableció su propia firma especializada en diseño urbano, arquitectónico e industria.
Conferencista en diversas universidades e institutos como The Royal Institute of British Architects Reino Unido, The Danish Royal Academy Dinamarca, III Bienal de Arquitectura del Paraguay, el GSD-Latin Association en Harvard University, y otras en Colombia, México y Chile.
Las obras de Daniel Bonilla han sido seleccionadas y premiadas en la XVII, XVIII y XIX Bienales de Arquitectura Colombiana, Ganador del Premio Lápiz de Acero Azul de la Revista Proyecto Diseño, Mención Especial III Convocatoria Arquitectura Religiosa Contemporánea de la Fundación Frate-Sole Italia 2004, Accésit como Arquitecto Emergente Iberoamericano en la III Bienal Iberoamericana de Arquitectura e Ingeniería Civil (Chile 2002), Highly Commended Award en los AR+D Awards 2002 – (Premio a la arquitectura emergente mundial organizado por la Architectural Review and D-Line), y Mención de Honor en la Bienal Internacional de Quito 2002 – Ecuador.